Однажды утром юноша по имени Линк отправляется во дворец, чтобы в торжественной обстановке получить звание машиниста. На церемонии Линк знакомится с принцессой Зельдой, которая приглашает новоиспеченного машиниста в личные покои. На личной встрече принцесса сообщает Линку ужасную новость: по всей стране пропадают волшебные рельсы! В компании с красавицей принцессой Линк отправляется в Башню Духов, но по пути принцессу похищают. Дух Зельды остался вместе с Линком, и парочке удается добраться до Башни, где они узнают страшную правду: король демонов вот-вот вырвется из давнего заточения, мир снова в опасности!

• Флейта духов - загадочный и волшебный инструмент, играть на котором можно точно так же, как на настоящей флейте, благодаря сенсорному экрану и встроенному микрофону Nintendo DS.
• Хлыст на все случаи жизни! Настоящее оружие героев, способное ненадолго оглушить врага или помочь забраться в недосягаемые уголки королевства.
• Командная игра! Линк храбрее храбрых, но даже ему не под силу справиться со всеми препятствиями и врагами в одиночку. Его спутница, принцесса Зельда, утратила физическую оболочку, но ее дух не раз выручит Линка в самых опасных ситуациях.
• Старые враги - и новые друзья! Призраки снова в деле, но благодаря духу принцессы Зельды, теперь их можно заполучить в союзники! Прирученный призрак способен пройти огонь и лаву и даже переносить Линка через опасные участки.
• Портативный ураган! Еще одна новинка в арсенале храброго героя - смерч, запускаемый в нужный момент, стоит только указать ему путь и дунуть в микрофон.
• Настоящий бронепоезд! Став машинистом, Линк получил в свое распоряжение настоящий локомотив, оборудованный пушкой! И свистком, помогающим избежать столкновений со зверями, расположившимися на рельсах!

Игра полностью совместима с Nintendo 3DS (без стереоскопического эффекта).