Игра Pokémon Crystal Version впервые вышла на Game Boy Color и включала в себя множество новых и увлекательных функций. Будучи расширенной версией Pokémon Gold Version и Pokémon Silver Version, она стала первой игрой в серии Pokémon, где игроки могли выбирать в качестве игрового персонажа мальчика или девочку. Также здесь впервые появились анимированные сцены во время сражений покемонов. В этой версии Pokémon Crystal Version у вас будет шанс повстречать мифического покемона Селеби. Для этого надо пройти игру и принять участие в особом событии. В оригинальной версии Pokémon Crystal Version Селеби можно было получить только с помощью особого аксессуара. Pokémon Crystal Version совместима с беспроводными коммуникационными функциями Nintendo 3DS. Тренеры могут воспользоваться функциями Link Trades и Link Battles для версий Pokémon Crystal Version, Pokémon Gold Version и Pokémon Silver Version для Виртуальной консоли. Кроме того, игра Pokémon Crystal Version совместима с функцией «Капсула времени» (Time Capsule), которая позволяет игрокам обмениваться покемонами в Центре покемонов между версиями игр для Виртуальной консоли Pokémon Crystal Version, Pokémon Gold Version, Pokémon Silver Version, Pokémon Red Version, Pokémon Blue Version или Pokémon Yellow Version: Special Pikachu Edition. Pokémon Crystal Version также будет совместима с Pokémon Bank. Поддержка Pokémon Crystal Version данным сервисом означает, что теперь возможно перенести всех покемонов из основных игр серии в Pokémon Ultra Sun и Pokémon Ultra Moon.