Madden NFL 13 работает на движке, Infinity Engine. Согласно дизайнеру геймплея Виктору Луго (Victor Lugo), движок обеспечивает «безграничные возможности» в области анимации. В новой системе каждая анимация улучшается благодаря учету импульса и других физических параметров. Игроки спотыкаются и падают через протянутые ноги, если бегут слишком короткими шагами, тогда как в предыдущих играх падение в аналогичном случае происходило всегда. Connected Careers: «Связанные карьеры» – новое название режимов Франшизы и Суперзвезды. В данном режиме можно управлять тренером или игроком, в оффлайне или онлайновой лиге на 32 команды. В Связанных карьерах есть элементы RPG, благодаря чему ведущий дизайнер Джош Луман (Josh Looman) назвал Madden NFL 13 первой «спортивной RPG». Игрок: Можно выбирать созданного лично игрока, действующего игрока NFL или легенду NFL. При выборе созданного игрока нужно выбрать полевую позицию и команду, затем – создать дизайн игрока и выбрать его предысторию. Представлено 3 опции предыстории: High Draft Pick, Low Draft Pick и Undrafted. Предыстория определяет стартовые рейтинги и цели на год. За выполнение целей дается опыт (XP), посредством которого можно повышать рейтинг. Тренер: Аналогично игрокам, тренеры доступны в 3-х вариантах: созданный тренер, действующий тренер NFL или легенда NFL. Игра за тренера почти идентична онлайновому режиму франшизы из последних частей NFL. Основное отличие между геймплеем тренера и игрока – то, что в случае тренера опыт не переходит напрямую в рейтинг. Опыт тренера тратится на «пакеты» различного назначения, от упрощения вывода игрока в состояние свободного агента до увеличения карьеры игрока (отодвигания срока его ухода из большого спорта).