В роли одного из трех новых Людей Икс игрокам предстоит определить свой путь — защищать человечество либо пойти на все, чтобы уничтожить его. Разветвленный сюжет за авторством знаменитого Майка Кэри не раз предложит сделать сложный выбор, что предопределит развитие персонажа и его роль в дальнейших событиях — будет ли он сражаться на стороне легендарных героев вселенной X-Men, в числе которых Циклоп и Росомаха, или окажется по другую сторону баррикад.

Детальная проработка ролевой составляющей игры позволяет наделять своего подопечного самыми разными суперспособностями. По мере развития событий можно будет не только совершенствовать имеющиеся суперсилы мутантов, но и выбирать новые эффектные приемы, комбоатаки, добивающие удары. В боевом арсенале у каждого найдется, что противопоставить любому противнику, чтобы разобраться с ним быстро и красиво.

• Судьбоносные решения. На протяжении всей истории игрок целиком и полностью в ответе за судьбу и развитие одного из трех супермутантов-новобранцев. Лишь от него зависит, какими суперсилами будет обладать его персонаж, к какой группировке он присоединится — «Людям Икс» или «Братству мутантов», кто станет его другом, а кто — непримиримым врагом.
• Изо всех сил. Каждый из трех персонажей окажется под контролем игрока в поворотный для себя момент — обнаружив, что он мутант. Вот тогда и нужно будет выбрать его стартовый набор суперсил, который станет генетической базой для дальнейшего развития. При этом — впервые в истории серии игр X-Men — различные способности героя можно будет комбинировать и изменять.
• Генная модификация. Суперсилы Людей Икс определяются особым геном, он-то и позволит игрокам наделять своих героев удивительными способностями других известных мутантов, например, замораживать всё и вся, как Человек-лед; либо же управлять огнем, как Пиро. Благодаря этому у игроков будет огромный выбор эффективных и зрелищных тактик нападения и защиты.
• Проблема выбора. По ходу развития сюжета игрокам часто придется принимать сложные с точки зрения морали решения, ведь в X-Men Destiny нет четких понятий «хорошо» и «плохо».