Вы встретите множество персонажей из вселенной Touhou Project, обнаружите горы лута, каждый из которых ценен благодаря системе слияния предметов, и испытаете свои силы, взяв напарницей по приключениям любимую девушку из Touhou.

Однажды Рейму Хакурей приходит к Ринносуке Моричике в его магазин. Он показывает ей одну из своих ценностей - золотую сферу. Однако, когда она прикасается к ней, из нее вырывается таинственный луч света. Ринноскэ начинает вести себя странно, а на месте Куриндо возвышается гигантская башня. Население Гэнсокё было заменено клонами, которые нападают на людей по первому зову. Как дева святилища Хакурей, Рейму обязана разобраться с инцидентом и вернуть мир в Гэнсокё.

По пути к ней присоединяется Футо Мононобэ, который недавно отправился в путь, чтобы стать первоклассным мудрецом. Сможет ли Рейму с напарником пройти через подземелья башни и положить конец этому инциденту?