Комару Наэги, младшая сестрёнка Макото Наэги, главного героя оригинальной Danganronpa, была заключена в необычной и таинственной комнате на протяжении целого года. В один прекрасный день ее спас Бьякуя Тогами, но операция прошла не самым успешным образом — герои оказались разделены в результате нападения сотен Монокум, то есть механических управляемых роботов в виде двухцветных медведей. Вскоре Комару узнаёт, что город, в котором она оказалась — Това — захвачен некоей группой детей, называющей себя «Воины надежды». Их лидер, Монака, заявил о превращении городка в «Детский рай», а значит все взрослые в нём должны быть уничтожены. Что же, теперь нашей героине явно не позавидуешь. как и оказавшейся в подобном положении Токо Фукаве, с которой Комару объединила усилия по борьбе против маленьких террористов.