История Самус продолжается после событий игры Metroid Fusion, когда она спускается на планету ZDR, чтобы расследовать загадочную передачу, отправленную в Галактическую Федерацию. Удалённая планета захвачена злобными инопланетными формами жизни и леденящими кровь механическими созданиями. Самус проворна и умна, но сможет ли она преодолеть невероятную угрозу?

• Сразитесь с безжалостнымы E.M.M.I. роботами. Узнайте, что превратило этих роботов в кошмар ZDR, и спасите свою жизнь.
• Почувствуйте, как сила Самус растет по мере того, как вы приобретаете новые способности, путешествуя по многочисленным локациям этого опасного мира. Преодолевайте препятствия, скользите по узкому пространству, сражайтесь с врагами и пробивайтесь сквозь планету. Возвращайтесь в районы и используйте свои новые способности, чтобы найти улучшения и альтернативные пути. Исследуйте обширную карту, уклоняйтесь и уничтожайте E.M.M.I. роботов, и преодолевайте ужас, преследующий ZDR.