Прошлое, настоящее и будущее сходятся в трёх различных сюжетных режимах Norn9: Last Era: это и исследование прошлого персонажей до их совместной жизни на корабле, и пересказ событий Norn9: Var Commons с новой точки зрения, и истории, происходящие после событий первой игры. Будут ли Кохару, Микото и Нанами жить мирной и счастливой жизнью со своими новыми возлюбленными или их прошлое вернется, чтобы преследовать их?

Некий инцидент, произошедший в реальном мире и в мире снов, приводит к хаосу на борту Norn. Все члены Norn стали маленькими в мире снов. Они думали, что за этим стоит Ицуки, но, судя по всему, это было не так.

"Даже если мы стали маленькими... Если это происходит только в мире снов, это не должно быть проблемой".

Так думали все... Однако проблемы постепенно возникали и в реальном мире. В конце концов, не выдержав такой ситуации, все они использовали способности Хейши и Ицуки, чтобы собраться вместе.