События Martyr разворачиваются в 41 тысячелетии и повествуют о древнем корабле-призраке, который выходит из Варпа в реальное измерение и тут же привлекает к себе повышенное внимание. Вскоре выясняется, что пустые и заброшенные палубы корабля осквернены силами Хаоса, и тогда Инквизиция посылает туда одного из членов Ордо Маллеус — ордена, специализирующегося на уничтожении демонов.

• Глобальный режим Игрокам будет доступен глобальный режим Inquisitorial Campaign, который представляет собой своего рода мультиплеерную «песочницу». А именно: каждый свободно путешествует по галактике (Sector Caligari) на корабле-крепости со своими напарниками и выполняет различные миссии в случайно генерируемых локациях.
• Кооператив Помимо одиночной и глобальной игры, Warhammer 40,000: Inquisitor – Martyr будет включать кооператив на четверых игроков — при желании роли напарников Инквизитора возьмут на себя не боты, а живые игроки.
• Сила выбора Каждая миссия, имеет последствия для всех остальных, то есть для всего сектора. Иными словами, отдельный выбор каждого составляет выбор всего сообщества на уровне «метаигры».
• Классы Игрокам представится возможность выбирать из трех классов персонажей. Один из них - крестоносец, аналог воина, напичканный аугментациями и генными модификаторами. Про два других пока известно только то, что один из них — псайкер, а другой — женщина. У каждого класса в Inquisitor — Martyr по три подкласса.
• Тактические сражения В Warhammer 40,000: Inquisitor – Martyr можно будет использовать укрытия и точечно отстреливать своих врагов, в особенности, крупных существ, лишая их некоторых способностей или даже оружия. Кроме того, периодически будет возможность использовать транспортные средства — разработчиками обещаны, в том числе, автомобильные сражения, обставленные как мини-игры.
• Выбор оружия Martyr вобрал в себя не только способности и умения из оригинальной настольной игры, но и некоторые фирменные виды оружия, такие как болт-пистолет, цепной меч и плазменная винтовка, которая перегревается при длительном использовании (но не взрывается).