В этой новой игре из серии Pokémon Mystery Dungeon, игроки смогут находить Таинственные Подземелья и входить туда через врата Magnagates – загадочные порталы, активируемые камерами системы Nintendo 3DS при сканировании предметов округлой формы реального мира, таких как циферблаты и футбольные мячи. После нахождения врат Magnagate, игрок становится одним из покемонов и входит в неведомое Таинственное Подземелье. После прохождения открытого вратами Magnagate подземелья игроки получают вещи и деньги, которые пригодятся и в основном приключении.